El nombre de esta villa hace referencia al conocido y antiquísimo monasterio que existía en el término municipal antes de la llegada de los árabes a la península y que estaba dedicado a Santa Columba Senonense o de Sens (Santa Coloma), cuyos restos descansaban en el lugar, traídos por los monjes desde Francia ante la invasión de los bárbaros al país galo.

La leyenda dice que Santa Coloma procedía de una familia adinerada de Tricio, que en la época estaba ocupada por los árabes. Fue presionada por su familia a casarse con un infiel, pero por no querer renunciar a su fe y a su virginidad escapa de su familia y se refugia en una cueva de un monte cercano, permanece allí hasta que es capturada por la autoridad y finalmente asesinada y decapitada, consiguiendo así su estado de mártir. Sus restos reposan en la iglesia del pueblo.

Santa Coloma contaba con un monasterio por el que era reconocido hasta la invasión árabe. Fue posesión de la esposa del rey García Nájera desde 1046, y posteriormente se donó a san Millán.
En el siglo XVII se independiza de Nájera.
Fue en 1812, durante la Guerra de Independencia, cuando se celebró en Santa Coloma una convención de 62 localidades en la que se reclamó la creación de una provincia para la región natural de La Rioja. En ella se ve el más remoto precedente del riojanismo. El escultor Miguel Ángel Sainz conmemora este hecho con un monumento en la plaza de la Convención.

Destaca la Iglesia de la Asunción del siglo XVII donde se guardan las reliquias de la Santa trasladadas del antiguo monasterio ya desaparecido.
También cuenta con un monumento a la independencia de La Rioja.